Bitkilerde Yeni Nesil Dizileme Teknolojisi ile Mirna Analizi

Abstract

MiRNA'lar (mikroRNA), genlerin intron bölgelerinde bulundukları için proteine dönüşemezler ve kendi gen bölgelerinden üretilirler. Bitkilerde 21-24 nükleotitden oluşan miRNA üretimi çekirdekte başlar ve sitoplazmada koordineli bir şekilde devam eder. Bitkilerde gelişim ve stres ile ilişkili genlerin ifade seviyelerinin belirlenmesinden dolayı genom bütünlüğünün korunmasına yardımcı olur ve böylelikle ökaryotik genomların %30'unu kontrol ettiği savunulur. Bitkilerde küçük RNA'lar: miRNA; siRNA'lar, phasiRNA'lar ve NAT-siRNA gibi birçok ana sınıfa ayrılır. Bunları belirlemek ve fonksiyonlarını ortaya çıkarmak için çeşitli analiz yöntemleri geliştirilmiştir. Bu yöntemler Northern Blot, Flow Sitometri, Klonlama, qRT-PCR, Sekanslama ve Mikroarray analizleri ve RNA-seq (transkriptom profillemesi) şeklinde gruplandırılabilir. miRNA-Seq olarak adlandırılan ve Yeni Nesil Dizileme (YND) yöntemlerinden olan bu metotla türe ve dokuya spesifik miRNA'lar kolayca saptanabilmektedir. miRNA çalışmalarında; miRDeep-Seq, miRanalyzer, miRCat, miRExpress, miRTRAP gibi belirli algoritmalar kullanılabilmektedir. Bu derlemede bitkilerde yeni nesil dizileme teknolojilerinin miRNA dizileme (miRNA-seq) çalışmalarındaki uygulama alanı ile ilgili güncel çalışmalar irdelenmiştir.