* Doktora Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14901/835

Browse

Now showing 1 - 17 of 17

Alzheimer Hastalığının Tedavisine Yönelik Bor Nanoteknolojisi Temelli İlaç Taşıma Sisteminin Geliştirilmesi
(2022) Yıldırım, Özge Çağlar; Türkez, Hasan
Son yıllarda Alzheimer gibi yıkıcı nörodejeneratif hastalıkların daha etkin ve yenilikçi tedavisini amaçlayan çalışmaların sayısı hızla artmaktadır. Bu tez çalışmasında esterifikasyon reaksiyonu ile yüzeyine folik asit (FA) tutturulmuş hekzagonal bor nitrür (hBN) temelli taşıyıcı sistem tasarımı gerçekleştirilmiştir. Hazırlanan hBN-FA taşıma sisteminin SEM-EDX, UV-vis spektrumu, FTIR ve Zetasiezer analizleri ile detaylı karakterizasyon çalışmaları tamamlanmıştır. Taşıma sisteminin toksikolojik değerlendirilmesi insan dermal fibroblast hücre kültürlerinde gerçekleştirilmiştir. hBN-FA taşıma sisteminin Memantin(MEM) ve bor lipoik asit (BLA) yükleme ve salınım profili değerlendirilmiş ve ardından retinoik asit ile olgun nöron benzeri hücre dönüşümü sağlanan SHSY-5Y hücrelerinde MTT analizi ile sitotoksisite çalışması yapılmıştır. İlaç yükleme sonuçları FA ile kaplanmayan hBN'nin BLA'yı yükleme yeteneğine sahip olmadığını ancak MEM için %84,3 ilaç yükleme etkinliğine sahip olduğunu göstermiştir. Öte yandan hBN-FA taşıma sisteminin BLA ve MEM için ilaç yükleme etkinliği sırasıyla %97,5 ve %95'tir. Dönüştürülmüş SHSY-5Y hücre kültüründe 20µM Aβ(1-42) peptidi ile in vitro Alzheimer hastalık modeli oluşturularak ilaç yüklü taşıma sisteminin Aβ(1-42) toksisitesine karşı nöron koyucu potansiyeli değerlendirilmiştir. hBN-FA+BLA in vitro AH modelinde %99 oranında hücre canlılığı gösterirken; hBN-FA+MEM'in aynı konsantrasyonu ile tedavi edilen hücre grubunda canlılık %94 olarak hesaplanmıştır. Dahası AChE aktivitesi tayini, TAK ve TOS analizi, Akış sitometrisi ve genotoksisite çalışmaları sitotoksisite verileriyle köreleydi. Tüm bulgular hazırlanan taşıyıcı sistemin in vitro deneysel AH modelindeki ilk kez aydınlatılmış nöroprotektif etkisinin umut verici olduğunu ve daha detaylı araştırmalar için önemli veriler sunduğunu göstermektedir.
Baş-Boyun Kanser Hücrelerinde SALL4 Geninin Direnç Genleri ile Olan İlişkilerinin Araştırılması
(2025) Yılmaz, Arzugül Tanas; Kara, Adem
Sal benzeri protein 4 (SALL4), embriyonik kök hücrelerinde bulunan bir transkripsiyon faktörüdür ancak baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomlar da (BBSHK) dahil olmak üzere kanser hücrelerinde aşırı ifade edildiği ve kanser gelişimi, ilerlemesi ve metastaz ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle bu tez çalışmasında SALL4 geninin BBSHK'de ilaç direnci gelişimi veya direnç geliştirilmiş hücreler üzerindeki etkilerinin aydınlatılması hedeflenmiştir. Çalışmamızda FaDu hücreleri normal ve ilaç direnci geliştirilmiş formlarda kullanılmış ve deneyler pozitif kontrol grubu, inhibisyon grubu, PTX uygulanan grup, hem inhibisyon hem de ilaç uygulaması yapılan grup ve negatif kontrol grubu olmak üzere 6 grup üzerinden yürütülmüştür. Hem normal hem de ilaç direnci geliştirilmiş hücrelerde SALL4 inhibisyonu gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PZR) ve Western Blot (WB) ile kontrol edilmiş ardından SALL4 geninin direnç genleriyle olan ilişkisi moleküler genetik analizler ile detaylandırılmış. Daha sonra hücre hatlarında hücre döngüsü, hücre migrasyonu ve apoptotik durum incelenmiştir. Analiz sonuçlarında SALL4'ün her iki hücre hattında da başarıyla inhibe edildiği ayrıca, SALL4 baskılanmasının PTX'in apoptozu artırıcı etkisini güçlendirdiği, hücre döngüsü üzerine antiproliferatif etki yaptığı ve özellikle dirençli hücrelerde PTX ile birlikte uygulandığında sinerjik etki oluşturduğu belirlenmiştir. Elde edilen bulguların, BBSHK'de yeni terapötik stratejilerin geliştirilmesine ve hastaların tedaviye daha iyi yanıt vermesine yardımcı olabileceği düşünülmektedir.
Çeşitli Bakteri İzolatlarının Kültür Filtratları ve Proteinlerinin İnsan Fibroblast Hücrelerinde Sitotoksik ve Moleküler Yanıtlarının Değerlendirilmesi
(2018) Kacı, Fatma Necmiye; Görmez, Arzu
Kolorektal kanser, kolon ve rektumun epitel hücrelerinde polip oluşumuyla başlayan bir kanser türüdür. Oluşan polipler pek çok kolorektal kanser için prekürsör olarak kabul edilmektedir. Kolorektal kanser kadınlarda, akciğer ve meme kanserinden sonraki üçüncü, erkelerde ise, akciğer ve prostat kanserinden sonraki dördüncü ölüm sebebini oluşturmaktadır. Hastalığa sebep olabilecek muhtemel risk faktörleri araştırılmış, ancak kolorektal kanser patogenezi ve mikroorganizmalar arasındaki ilişki tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu nedenle çalışmamızda öncelikli olarak kolorektal kanserli hastalardan alınan biyopsi örneklerinden bakteri izolasyonları yapılmıştır. Bakterilerin kültür filtratları ile total proteinleri izole edildikten sonra sağlıklı fibroblast hücre hattına olan etkileri; WST-8, hemoliz testi, Kaspaz-3, JC-1 ve Annexin- V analizi yöntemleri ile; gen düzeyindeki değişimleri ise qRT-PCR yöntemi ile analiz edilmiştir. İzolasyonlar sonucunda biyopsi örneklerinden 3 adet Klebsiella pneumoniae, 1 adet Acinetobacter baumannii ve 1 adet Escherichia coli izole edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda tüm izolatların kültür filtratları ve proteinlerinin sağlıklı hücreleri özellikle inflamasyon ve nekroz yoluyla ölüme götürdüğü sonucuna varılmıştır. Gen düzeyinde etkileri incelendiğinde ise TP53, SMAD ve APC gibi tümör suppresör genlerin ekpresyonunda azalma, KRAS onkogeninin anlatımında ise kontrole göre artış gözlenmiştir. Bu çalışma sonucunda elde edilen bulguların, kolorektal kanser tedavisi için mikroorganizma temelli tedavi yaklaşımların geliştirilmesine katkı sağlayacağına inanılmaktadır.
Fasulye Gst Gen Ailesinin Genom Çaplı Analizi ve Fasulye Dehidroaskorbat Redüktaz 1 (Pvdhar1) Geninin Tütün (Nicotiana Benthamiana) Bitkisinde Kuraklık Stresi Altında Aşırı İfade Edilmesi
(2024) Muslu, Selman; İlhan, Emre
Glutatyon S-transferazlar (GST) gelişmiş organizmalarda bulunan, reaktif oksijen türlerine karşı mücadelede önemli ve kilit rol oynayan izozimlerdir. GST'ler biyotik ve abiyotik streslerle mücadelede rol oynamakta ve özellikle bitkileri çeşitli stres koşullarından korumaktadır. Bu çalışmada biyoinformatik araçlar kullanarak Phaseolus vulgaris bitkisinde GST gen ailesinin genom çaplı analizini gerçekleştirerek yaprak dokusunda ayrı ayrı tuz ve kuraklık stresi altında ifade profillerini araştırmak amaçlanmıştır. Ek olarak GST'lerin DHAR alt ailesinin bir üyesi olan DHAR1 geninin transgenik yaklaşımla tütün bitkisinde aşırı ifade edilmesiyle bu genin kuraklık stresine yanıtta fonksiyonunun araştırılması hedeflenmiştir. Phaseolus vulgaris'te 55 adet Pv-GST proteini belirlenmiştir. Bu proteinlerin moleküler ağırlıkları 15,02 kDa ile 47,99 kDa, amino asit sayıları 132 ile 420 ve teorik izoelektrik noktaları ise 5,03 ile 9,61 arasında değişmektedir. P. vulgaris, Glycine max ve Arabidopsis thaliana türlerine ait protein dizi bilgileri ile filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Seçilen beş GST geni ile qRT-PCR çalışmaları yapılmış ve kuraklık, tuz ve melatonin uygulamalarında bu genlerin ifade seviyelerinin değiştiği gözlemlenmiştir. Ek olarak PvDHAR1 geninin tütün bitkisinde kuraklık stresi altında aşırı ifade edilmesi ile elde edilen sonuçlar bu genin kuraklık stresine karşı yanıtta görev aldığını doğrulamıştır. Aşırı ifade hatların artan H2O2 seviyeleri ile iyi bir şekilde başa çıktığı belirlenmiştir. Azalan MDA ve %EC değerleri de bu bulguları desteler niteliktedir. Bu çalışmadan elde edilen verilerin fasulye DHAR1 geninin kuraklık stresine karşı yanıttaki rolü hakkında literatürdeki boşluğu doldurması beklenmektedir.
Fasulyede Gpat Gen Ailesinin Karakterizasyonu ve Kuraklık Stresi Altında Pvgpat1 Geninin Transgenik Yaklaşımla Fonksiyonunun Belirlenmesi
(2024) Kasapoğlu, Ayşe Gül; İlhan, Emre
GPAT (sn-Gliserol-3-fosfat-1-O-asiltransferaz), membran lipidlerinin biyosentezinde anahtar bir enzimdir. Gliserolipidlerin üretiminde iki tür GPAT yer alır. sn-1-GPAT'lar lizofosfatidik asit oluşturmaktan sorumluyken, sn-2-GPAT'lar monoaçilgliserolü üretir. Yapılan literatür taramalarına göre Phaseolus vulgaris'in GPAT genlerinin karakterizasyonu ile ilgili bir çalışmaya rastlanılmamıştır. Bu çalışma, kuraklık ve tuz stresine maruz bırakılan fasulye yapraklarında GPAT genlerinin ekspresyon profillerini değerlendirmeyi ve biyoinformatik araçlar yardımıyla GPAT gen ailesi üyelerinin genom çapında analizinin yapılması amaçlanmıştır. Ayrıca kloroplastik PvGPAT1 geninin klonlanarak elde edilmesi ve bu klonun tütün bitkisinde aşırı ifade ettirilerek kuraklık stresi altında fonksiyonunun belirlenmesi de amaçlanmıştır. Bu çalışmada fasulye genomunda moleküler ağırlıkları 50,2 kDa ile 60,4 kDa, amino asit sayıları 376 ile 539, teorik izoelektrik noktası 8,41 ile 9,46 ve instabilte indeksi 31,84 ile 51,38 arasında değişen 13 PvGPAT geni saptanmıştır. P. vulgaris, Arabidopsis thaliana, Glycine max, Vitis vinifera, Lens culinaris ve Cicer arietinum türlerinin GPAT proteinleri arasında filogenetik analiz yapılmıştır. A. thaliana ve G. max GPAT proteinlerinin evrimsel süreçte PvGPAT genleri ile daha yakın ilişki gösterdiği belirlenmiştir. Seçilen altı PvGPAT geni ile yapılan qRT-PCR analizlerinde bu genlerin tuz, kuraklık ve melatonin uygulamalarındaki ifade düzeyleri incelenmiştir. Ayrıca kuraklık stresi altında tütün bitkisinde PvGPAT1 geninin aşırı ifadesinin sonuçları kuraklık stresine karşı yanıtta bu genin düzenleyici bir fonksiyona sahip olduğunu doğrular niteliktedir. Bu çalışmadan elde edilen veriler ışığında PvGPAT1 geninin kuraklık stresine yanıttaki rolü hakkında literatürde bulunan boşluğu dolduracağı beklenilmektedir.
Filamentöz Funguslardan Antibiyofilm Aktivitesine Sahip Ekstrasellüler Polipeptitlerin İzolasyonu
(2018) Yazıcı, Ayşenur; Örtücü, Serkan; Taşkın, Mesut
Mikroorganizmalarda görülmeye başlanan antibiyotiklere direnç, yeni antibiyotik arama çalışmalarını gerekli kılmıştır. Prokaryotik ve ökaryotik canlıların immün sistemlerinin bir parçası olarak sentezlenen antimikrobiyal proteinler (AMP) yeni nesil antibiyotikler olarak karşımıza çıkmaktadır. AMP molekülleri kısa zincirli, genellikle katyonik ve geniş spektrumlu aminoasit dizileridir. Antibiyofilm proteinler (ABP) ise AMP moleküllerinin bir alt grubu olup, biyofilm oluşumunu engelleyen polipeptit dizileridir. Bu tez çalışmasında, literatürde fungal tabanlı ABP molekülü bulunmadığından, topraktan filamentöz fungus izole edilerek, kültür filtratlarında ABP taraması yapılmıştır. İzole edilen toplam 120 izolat içerisinde agar difüzyon, çapraz ekim, radyal inhibisyon ve tripsin/proteinaz K parçalama yöntemleri ile Staphylococcus aureus (ATCC 25923) ve metisilin dirençli S. aureus'a (MRSA) etkili 2 adet AMP molekülü üreten fungus belirlenmiş ve bu funguslardan 1 tanesinin ABP ürettiği bulunmuştur. İndükleme sistemi ile belirlenen, trikloroasetik asit (TCA) yöntemi ile izole edilen ve ultrafiltrasyon yöntemi ile saflaştırılan antibiyofilm aktiviteye sahip polipeptit, SDS-PAGE ve trisin-PAGE ile doğrulanmıştır. ABP molekülü üreten filamentöz fungusun korunmuş (Internal Transcribed Spacer) ITS ve kalmodülin gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmış ve Aspergillus tubingensis olduğu belirlenmiştir. S. aureus'a karşı minimum inhibisyon konsantrasyon (MIC) değeri 32 mg/L, minimum biyofilm inhibisyon konsantrasyon (MBIC) değeri ise 2 mg/L olarak belirlenen ABP molekülü, Maldi-TOF/MS ile karakterize edilmiştir. Karakterizasyon sonrasında bu proteinin UniProt veritabanında kayıtlı, karakterize edilmemiş, A0A1L9MXD7_ASPTU kodlu yeni bir protein olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak, filamentöz funguslarda ABP'nin varlığı ilk kez gösterilmiştir. Bu ABP molekülünün, S. aureus'un biyofilm kaynaklı enfeksiyonlarında kullanılabilecek potansiyele sahip olduğu belirlenmiştir.
İn Vitro Alzheimer Hastalık Modelinde Sodyum ve Potasyum'lu Bileşiklerin Nöron Koruyucu Etkilerinin Değerlendirilmesi
(2022) Sevim, Yasemin; Arslan, Mehmet Enes
Alzheimer hastalığı, hafızayı ve düşünme becerilerini ve nihayetinde en basit görevleri yerine getirme yeteneğini yavaş yavaş yok eden nörodejeneratif bir hastalıktır. Bu çalışmamızda, İnsan nöroblastoma hücre hattı (SH-SY5Y) retinoik asit uygulanmasıyla nöron benzeri hücrelere dönüştürülmüştür. Dönüşen hücreler Alzheimer benzeri ortam oluşturmak amacı ile H2O2 geniş doz aralıklarıyla uygulandı (0-200 μM) ve H2O2'nin IC50 değeri MTT canlılık testiyle analiz edilmiştir. Sonuç olarak elde edilen IC50 değeri kültürlere uygulanarak aday moleküllerin koruyucu etkileri incelendi. Sitotoksik çalışmaları gerçekleştirilmiş olan 9 adet sodyum/potasyum bazlı bileşiklerden Sodyum Hidrojen Fosfat, Sodyum Sitrat Tirbazik Dihidrat, Sodyum Hidrojen Karbonat, Sodyum Fosfat Dibazik ve Potasyum Tartarat moleküllerinin belirli dozlarda toksisiteye neden olmadığı bu yüzden nöron koruyucu özellikleri Alzheimer hastalığı modellinde denenebileceği belirlendi. Yapılan çalışma sonucunda. Bu moleküller arasında sodyum hidrojen fosfat, sodyum hidrojen karbonat, sodyum sitrat tribazik dihidrat ve potasyum tartarat moleküllerinin μg/ml konsantrasyon seviyesinde de hücre canlılığını H2O2 uygulanmasına kıyasla önemli seviyelerde arttırdığı tespit edilmiştir. Ardında hücre hattındaki toksisitenin yol açtığı apoptoz /nekrozları belirlemek amacıyla Annexin-V/PI incelemesi flov sitometri yöntemi kullanılmıştır. Hücre hattında ki apoptoz ve çekirdek integritisi, Hoechst 33258 floresan boyama metodu kullanılarak mikroskop altında incelenmiştir. Son olarak, seçilen sodyum ve potasyumlu bileşiklerin asetilkolinesteraz (AChE) aktivitesi, toplam antioksidan kapasite (TAK) ve toplam oksidatif durum (TOD) seviyeleri üzerine olan etkileri belirlenmiştir. Sonuçlara göre, seçilen bileşiklerin kastrasyonlarının H2O2 karışı koruyucu etkileri hücre canlılık testleriyle gösterilmişidir. Seçilen bileşiklerin hücrelerde gerçekleşen nekroz ölümlerinde önemli ölçüde düşüşe neden olduğu flov sitometri sonuçlarıyla gösterilmiştir. Yapılan çalışmalar ışığında seçilen bileşiklerin uygulamalarının AchE aktivitesinde ve TOD seviyesinde azalmaya ve TAK seviyesinde atışa neden olduğu gözlenmiştir. Bulgularımız, seçilen bileşiklerin anti-Alzheimer aktivitesini ortaya koymuştur.
İn Vitro Alzheimer Modelinde Farklı Seskiterpenlerin Nöron Koruyucu Etkilerinin Değerlendirilmesi
(2017) Arslan, Mehmet Enes; Türkez, Hasan
Alzheimer hastalığı (AH) genel anlamda zihinsel hastalıkların %60'ını kapsamaktadır ve en önemli nörodejeneratif hastalıklardan biridir. Bu çalışmamızda, insan nöroblastom hücre hattı (SH-SY5Y) retinoik asit uygulanarak nöron benzeri hücrelere dönüştürülmüştür. Dönüştürülen hücrelerde Alzheimer ortamını oluşturmak için geniş doz aralıklarında β-amiloid 1-42 proteini (0-200 µM) 24/48 saat uygulanmış ve IC50 değerleri belirlenmiştir. Ardından, dört farklı seskiterpen (farnesen, gayzulen, östrisin, lökomisin) β-amiloid uygulanmış hücre ortamına geniş dozlarda (0-100 µg/ml) uygulanarak oluşturulan toksisiteye karşı nöron koruyucu etkisi incelenmiştir. İn vitro Alzheimer modelinde hücre canlılık oranlarının tespiti için 3- (4,5-dimetil-tiazol-2-il) 2,5-difeniltetrazolyum bromid (MTT) ve laktat dehidrogenaz (LDH) salınım testleri yapılmıştır. Ardından hücrelerde toksisitenin yol açtığı ölüm türünü belirlemek için Annexin-V/PI incelemesi flov sitometri yöntemi kullanılmıştır. Hücrelerde apoptoz ve çekirdek integritisi, Hoechst 33258 floresan boyama metodu kullanılarak mikroskop altında incelenmiştir. Son olarak, seskiterpenlerin asetilkolinesteraz (AChE) aktivitesi, toplam antioksidan kapasite (TAK) ve toplam oksidatif durum (TOD) seviyeleri üzerine olan etkileri belirlenmiştir. Sonuçlara göre, farklı seskiterpen konsantrasyonlarının β-amiloide karşı koruyucu etkisi hücre canlılık testleriyle gösterilmiş ve seskiterpenlerin hücrelerde gerçekleşen nekroz ölümlerinde önemli ölçüde düşüşe neden olduğu flov sitometri sonuçlarıyla belirlenmiştir. Bunun dışında seskiterpen uygulamalarının AchE aktivitesinde ve TOD seviyesinde azalmaya, ve TAK seviyesinde atışa neden olduğu gözlenmiştir. Bulgularımız, anti-alzheimer potansiyellerine göre test edilen seskiterpen etkinliklerinin uygulama dozuna göre gayzulen>östrisin>farnesen>lökomisin şeklinde sıralandığını ortaya koymuştur.
In Vitro Şartlarda Kuraklık Stresine Maruz Bırakılan Bazı Yerel Yonca (Medicago Sativa L.) Ekotiplerinin Kalluslarına Uygulanan Cao Nps'nin ve Grafen Oksitin (Go) Mtr-mir159 ve Mtr-mir393 Gen Seviyelerindeki Değişikliğin Tespit Edilmesi
(2023) Yazıcılar, Büşra; Bezirğanoğlu, İsmail
Yeryüzünde verimli toprakları etkisi altına alan kuraklık stresi, bitkilerin fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler mekanizmalarında önemli değişikliklere neden olup tarımsal alanları olumsuz şekilde etkilemiştir. Nanoteknoloji çevresel faktörlerden kaynaklanan olumsuz etkileri çözmek için yeni fırsatlar sunmaktadır. Bu çalışmada, kuraklık stresine maruz bırakılan iki farklı yonca ekotipi doku kültürü şartlarında CaO NPs ve GO uygulaması yapılarak fizyolojik, biyokimyasal ve gen seviyesindeki değişikliklere karşı test edilmiştir. Öncelikle Erzurum ve Konya yöresinden toplanmış olan farklı yerel ekotiplerinin tohumları MS ortamında rejenerasyonu sağlanmış, rejenerasyon sonucu oluşan yonca yaprakları 2,4-D ve Kinetin ortamına alınarak kallus oluşumu sağlanmıştır. Oluşan bu kallus örneklerine farklı konsantrasyonlarda mannitol (50 ve 100 mM), CaO NPs ve GO (0,5 ve 1,5 ppm) içeren ortamlarda 1 ay süre ile bekletilmiştir. Kallus dokularında mannitol konsantrasyonu artıkça kuru/yaş ağırlığının azaldığı CaO NPs ve GO uygulamasında ise arttığı gözlemlenmiştir. Prolin, DNSA, MDA ve H2O2 kuraklık stresiyle doğru orantılı bir şekilde artış olurken, CaO NPs ve GO ise azalış göstermiştir. Fizyolojik ve biyokimyasal analizlerin sonucuna göre Erzurum için en ideal ortam 50 mM mannitol/ 2 CaO NPs/0,5 ppm GO iken Konya için ise 50 mM mannitol/ 0,5 ppm GO'dır. mtr-miR159 ve mtr-miR393 gen seviyesinde meydana gelen değişiklikte kuraklık stresi artıkça yukarı regülasyon CaO NPs ve GO uygulamasında ise aşağı regülasyon olmuştur. Yonca dokusundaki Ca2+ birikimi ise SEM ve CLSM kullanılarak doğrulanmıştır. Sonuç olarak, doku kültürü koşullarında CaO NPs ve GO uygulanmasının kuraklık stresine karşı yonca kallusları üzerindeki olumsuz etkileri önemli ölçüde azalttığını göstermiştir.
İnsan Baş ve Boyun Skuamöz Hücreli Karsinomlarında miR-363-3p ve miR-200c-3p'nin Rollerinin Belirlenmesi
(2023) Şanlı, Fatma; Karataş, Ömer Faruk
Baş ve boyun kanserleri (BBK) en yaygın görülen altıncı malignitedir. Tanı ve tedavisinde önemli ilerlemeler olmasına rağmen, BBK'ler hala kansere bağlı önemli ölüm nedenlerinden biri olarak karşımıza çıkmaktadır. Tüm dünyada BBK'nin mortalite ve insidansının artacağı beklentisi yeni tedavi yaklaşımlarının gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Yeni tedavi yöntemlerinin gelişimini ön ayak olmak amacıyla da önemli biyolojik belirteçler keşfetmek bir zorunluluk haline gelmiştir. Bu tez kapsamında, miR-200c-3p/miR-363-3p'nin BBK patogenezindeki in vitro rollerinin daha iyi anlaşılması, olası yeni hedef genlerinin belirlenmesi ve bu hedef gen aracılığıyla kanser oluşum ve gelişim süreçlerindeki katkı mekanizmalarının aydınlatılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, BBK tümör dokularında normal doku örneklerine göre miR-200c-3p ifadesinin azaldığı belirlenmesine karşın, miR-363-3p ifadesinin tümör örneklerinde normal doku örneklerine göre değişmediği tespit edildi. Bu nedenle, sonraki çalışmalarda miR-200c-3p'nin olası tümör süpresör potansiyeli araştırıldı. MiR-200c-3p'nin ektopik olarak arttırıldığı BBK hücrelerinde hücre canlılığı, hücre göçü, hücre invazyonu ve hücre apoptozu gibi kanser ilişkili fenotipler üzerindeki etkileri bir takım in vitro testlerle incelenerek ortaya çıkarıldı. Ayrıca, in siliko analizler yardımıyla aday hedef gen olarak belirlenen SSFA2'nin, ilk kez bu tez kapsamında miR-200c-3p'nin doğrudan hedefi olduğu lusiferaz raportör testi ile doğrulandı. Ek olarak, SSFA2'nin BBK patogenezinde onkogenik potansiyele sahip olduğu bir takım in vitro testlerle ortaya çıkarıldı. Ayrıca, SSFA2'nin taksol dirençli hücrelerde aşırı ifade edildiği ve SSFA2 ifade artışına paralel Ca2+ salınım kanalı olan IP3R1'in hücrelerde zamanla azaldığı ve BBK'de taksol direncinin ortaya çıkmasına neden olduğu ilk kez bu tez kapsamında ortaya konuldu. Elde ettiğimiz bu veriler, BBK gelişimi ve taksol direncinin oluşumunda miR-200c-3p/SSFA2/IP3R1 aksisinin rol aldığı ve BBK'lerde taksol direncinin üstesinden gelmek için SSFA2'nin terapötik olarak hedeflenebileceği ortaya çıkarıldı.
Leishmania Major ile Enfekte Edilen Gerbillerde Bazı İnflamatuar ve Kompleman Yolak Genlerin İfadelerinin Mrna ve Protein Düzeyinde Araştırılması
(2022) Mor, Baycan; Görmez, Arzu; Demirci, Berna
Hücre içi protozoonlardan biri olan Leishmania türlerinin neden olduğu leishmaniasis, deri ve iç organ enfeksiyonlarına neden olan ve son yıllarda prevalansı artan sistemik, kronik bir hastalıktır. Toplum sağlığı açısından önemli görülen ve immün sistem hücrelerini de enfekte edebilen Leishmania türlerine karşı immün sistemin oluşturduğu bağışıklık mekanizmaları tam olarak ortaya konulamamıştır. Bu amaçla yola çıkılan çalışmada, gerbillerde (Meriones unguiculatus), L. major enfeksiyon modelinin oluşturulması, Leishmania enfeksiyonlarına karşı immün sistem hücrelerinin cevabının belirlenebilmesi için IL-1β, IL-2, IL-6, IFN-ɣ, TNF-α genlerinin ekspresyon seviyeleri ile inflamatuar yanıttaki rollerinin araştırılması, kompleman sistemde lektin yolağının rolünü incelemek için MBL-1, MBL-2, C2, C3 genlerinin ekspresyon seviyeleri ile bu genlerden MBL-1, C2, C3 proteinlerinin seviyelerinin belirlenmesi, gerbillerde enfeksiyona karşı oluşabilecek oksidatif stresin tespiti için biyokimyasal testler (GSH ve MDA)'in yapılması ve son olarak kandaki lökosit sayılarının değerlendirilmesi için de hematolojik analizlerin gerçekleştirilmesi amaçlanmıştır. Bu bağlamda ilk olarak gerbillerde kutanöz leishmaniasis hayvan modeli oluşturulmuş ve lezyon bölgelerinden alınan örneklerde mikroskobik incelemeler ve kültür çalışmaları ile parazitlerin varlığı tespit edilmiştir. Enfekte edilen gerbillerde inflamatuar sitokin ve kompleman sistem genlerinin ekspresyon seviyelerinin ve bazı kompleman sistem proteinlerinin önemli ölçüde arttığı, azalan GSH ve artan MDA düzeylerine bağlı olarak oksidatif stresin oluştuğu ve enfeksiyona bağlı olarak lökositlerin miktarında da önemli düzeyde artış olduğu tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda, kutanoz leishmanisis enfeksiyonlarında Th1, Th2 ve kompleman sistem yolaklarının aktive olduğu belirlenmiş olup, hastalığın patogenezinde farklı immunpatolojik mekanizmaların da değerlendirilmesi gerektiği kanaatine varılmıştır.
Medicago Sativa'nın Sazova Çeşidinden Antimikrobiyal Bir Peptidin Tanımlanması ve Bitki Gelişim Sürecindeki Ekspresyonunun Değerlendirilmesi
(2024) Turgut, Büşra Albayrak; Bezirğanoğlu, İsmail
Son yıllarda antibiyotik direncinin artması, antifungal olarak kullanılan tarım ilaçlarına karşı gelişen zararlı bitki ve fungisit dirençleri ve bu ilaçların insan sağlığına olan etkileri yeni antimikrobiyal ajanların keşfini zorunlu kılmıştır. Yeni antimikrobiyal ajanlar olarak antimikrobiyal peptitler (AMP) stabil yapıları ve memeli hücrelerine toksik özellik göstermemeleriyle ön plana çıkmaktadır. Özellikle bitki tohumlarının birçok AMP içerdiği bilinmektedir. Bu tez çalışmasında M. sativa Sazova çeşidinden ısıya dayanıklı yeni bir AMP tanımlanarak bu AMP'nin karakterizasyonunu yapmak amaçlanmıştır. Bunun için Sazova tohumlarından peptitler (10 kDa≥) elde edilmiştir. Elde edilen peptitler için disk difüzyon, jel kapama ve mikrodilüsyon testleri yapılarak antimikrobiyal bir peptit içerdiği tespit edilmiştir. Daha zonra jel kapama testinde inhibisyon zonu veren aralıktaki peptit bandı LC-MS/MS ile molekül ağırlığı 5,2048 kDa olan hipotetik peptit olan M. sativa Defensin 2.1 olduğu belirlenmiştir. Bu Defensinin Sazova çeşidindeki Defensin 2.1'in gen sekansı Sanger yöntemi ile elde edilerek aminoasit sekansına çevrilmiştir. UniProt Defensin 2.1 ve Sazova Defensin 2.1 sekansları arasında 3 farklı amino asit farklılığı olduğu belirlenmiştir. Sazova Defensin 2.1'in fizyokimyasal özellikleri (Expast ProtParam), sekonder (PROCHECK) ve tersiyer (SwissModel, Phyre2 ve PRISPRED) yapısı in silico araçlarla tahmin edilerek yeni bir AMP karakterize edilmiştir.
Pankreatik Beta Hücreleri Arasındaki Konneksin 36 Aracılı İletişimin Hücre İçi Kalsiyum Dinamikleri ve Diyabet Gelişimi Üzerine Etkilerinin Araştırılması
(2025) Akyüz, Mesut; Karataş, Elanur Aydın
Pankreasın Langerhans adacıklarındaki β-hücreleri transkripsiyonel aktivite, protein sentezi, hormon salınımı ve elektriksel aktivite bakımından heterojendir. Adacık içindeki heterojenlik ve bunun hormon salgılanmasının düzenlenmesi üzerindeki etkileri, son yıllarda diyabet araştırmalarına yeni bir yön kazandırmıştır. Adacık içindeki β-hücreleri arasındaki etkileşim insülin salınımının ve glukoz homeostazının düzenlenmesi için kritiktir. Bu etkileşimin merkezinde adacık hücreleri arasındaki iyonik akımları ileten ve böylece hücrelerin elektriksel aktivitelerini koordine etmelerini sağlayan gap bağlantı kanalları ve bu kanallarda görevli konneksin proteinleri yer alır. β-hücreleri, adacık boyunca Ca2+ ve insülin salınımının pulsatil dinamiklerini koordine eden konneksin 36 (Cx36) gap bağlantı kanalları aracılığıyla elektriksel olarak bağlanır. Mevcut tez çalışmasında insülinin bazal salınımını baskılamada heterojenliğin rolünü anlamak için bir yaklaşım olarak Ca2+ salınımının gözlenmesi amacıyla her biri genetik olarak fonksiyon kazandırıcı mutasyonlara sahip olan, tanımlanmış, uyarılamaz diyabetli β-hücre popülasyonları elde edildi. Fare adacıklarındaki β-hücrelerinin mutant KATP kanallarını ifade etmesi ve dolayısıyla yüksek KATP iletkenliğine sahip olması yabanıl tip KATP kanallarını ifade eden β-hücreleriyle kıyaslandığında, Ca2+ salınımlarını tamamen susturdu. Ancak, adacıklarda Cx36 gap bağlantıları zayıflatıldığında mutant tip KATP kanallarını ifade eden diyabetli β-hücrelerinin bu baskılanması ortadan kalkarak salınımlar geri getirildi. Yine in vitro fare β-hücre modelinde, Kir6.1'deki fonksiyon kazanımı mutasyonunun Cx36 ekspresyonunda önemli bir artışa yol açtığı gösterildi. Birlikte ele alındığında, bu bulgular uyarılamaz β-hücrelerinin küçük popülasyonlarının adacıklar içinde Ca2+ salınımındaki spontan yükselmeleri bastırabileceğini ancak Cx36 aracılı iletkenliğin azaltılması ile bu baskının ortadan kaldırılarak salınım potansiyellerinin geri getirilebileceği gösterildi. Cx36'nın diyabet tedavisinde potansiyel bir hedef olarak değerlendirilebileceği görüşü desteklendi.
Ramnolipit Kullanılarak Hazırlanan Nisin Yüklü Pva-Plga Nanopartiküllerinin Antibiyofilm Etkisinin Değerlendirilmesi
(2025) Başkut, Ayşe Üstün; Örtücü, Serkan
Biyofilmler, biyotik veya abiyotik yüzeylerde gelişen ve ciddi enfeksiyonlara sebep olan mikrobiyal topluluklardır. Son yıllarda araştırmacılar biyofilmle mücadele için, biyouyumluluk, hedefe özgü ilaç taşıma, etken madde stabilitesi gibi özellikleriden dolayı nanobiyoteknolojik ilaç taşıma sistemlerine yönelmiştir. Bu tez çalışmasında, solvent evaporasyon yöntemiyle hazırlanan nisin yüklü polylactic-co-glycolic acid (PLGA) nanopartiküllerinde PVA (polivinil alkol)'ya ek olarak kosürfektan olarak kullanılan ramnolipitin(R) etkileri S. aureus ATCC 25923 biyofilmlerine karşı değerlendirilmiştir. Bu amaçla farklı oranlarda ramnolipit kosürfektanıyla hazırlanan 10 nanoformülasyondan, ortalama boyut (d.nm), zeta-potansiyel (ZP), poli-dağılım indeksi (PDI), ilaç enkapsülasyon yüzdesi (%EE) ve ilaç yükleme yüzdesi (%DL) açısından en uygun NP5 formülasyonu seçilmiştir. NP5 nanoformülasyonun pH, iyonik güç, termal ve serum ortamındaki koşullara dayanımı Zeta-sizer cihazıyla tespit edilmiştir. Ardından, NP5 nanoformülasyonun, agar difüzyon testi ve minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ile antimikrobiyal etkinliği ve Cell Proliferation Kit (XTT) testi ve minimum biyofilm inhibitör konsantrasyon (MBİK) ile antibiyofilm etkinlikleri değerlendirilmiştir. Ayrıca nanotaşıyıcı sistemler için biyouyumluluğunu kontrol amacıyla insan fibroblast hücrelerine karşı sitotoksititesi Cell Viability Detection Kit 8 (CVDK-8) testiyle değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, NP5, ramnolipitsiz hazırlanan formülasyona (NP0) göre fizyolojik şartlara karşı d. nm, ZP ve PDI değerleri açısından daha stabil olduğu tespit edilmiş ve bu avantajları sayesinde daha iyi antimikrobiyal ve antibiyofilm özellik sergilerken, antibiyofilm inhibisyonu olarak NP0 formülasyonuna kıyasla %18 daha fazla S. aureus biyofilm hücrelerini inhibe etmiştir. Sitotoksik aktivite çalışması sonucunda NP5 formülasyonunun NP0' a göre daha çok biyouyumlu olduğu tespit edilmiş ve hemolitik aktiviteye sahip olmadığı doğrulanmıştır. Tez çalışması sonucunda PVA-R sürfektanıyla hazırlanan PLGA nanopartiküllerinin, S. aureus kaynaklı biyofilmlerle mücadelede yeni bir ilaç taşıma sistemi olarak kullanılabilecek potansiyele sahip olduğu belirlenmiştir.
Serin Diyet Uygulamalarının Deneysel Alzheimer Modelinde Nöroprotektif Etkilerinin Değerlendirilmesi
(2018) Tozlu, Özlem Özdemir; Türkez, Hasan
Alzheimer hastalığı (AH), sinaptik işlev bozukluğu ve nörodejenerasyonun eşlik ettiği amiloid-β (Aβ) plakların ve beyinde nörofibriler yumakların birikmesi ile karakterize edilen nörodejeneratif bir hastalıktır. Hastalığın ilerlemesini yavaşlatacak etkin bir tedavi henüz bulunamamıştır. Bu nedenle deneysel hayvan modelleri kullanılarak yapılan terapötik çalışmalar oldukça önemli hale gelmiştir. Çalışmamızda nöroprotektif etkileri bilinen D-sikloserin ve L-serin aminoasitleri kullanılmıştır. D-sikloserin ve L-serin aminoasitlerinin potansiyel etkileri AlCl3 maruziyeti ile deneysel AH modeli oluşturulan ratlarda davranış testleri ile biyokimyasal, hematolojik ve histopatolojik değerlendirmelerin yanısıra moleküler genetik analizler ile belirlenmiştir. Çalışmada 30 adet dişi Sprague-Dawley rat kullanılarak 6 grup oluşturulmuştur: Grup 1 Kontrol grubu (n=5), Grup 2 AlCl3 uygulaması ile deneysel AH oluşturulan grup (n=5), Grup 3 Tedavi amaçlı D-sikloserin verilen grup (n=5), Grup 4 Tedavi amaçlı L-serin verilen grup (n=5), Grup 5 D-sikloserin grubu (Sadece D-sikloserin n=5), Grup 6 L-serin grubu (Sadece L-serin n=5). AlCl3 maruziyeti ile AH oluşturulan ratlarda oksidatif stres ve nörodejenerasyon görülmüş olup davranış testleri ile de AlCl3 ile oluşturulan deneysel AH modeli doğrulanmıştır. Ayrıca moleküler genetik analizler ile alüminyumun β-sekretaz ve γ-sekretaz aktivitelerini artırırken α-sekretaz aktivitesini azalttığı bulunmuştur. D-sikloserin ve L-serin uygulaması ile alüminyum toksisitesi nedeniyle oluşan nörodejenerasyonda iyileşme sağlanırken oksidatif hasar engellenmiştir. Bu çalışma sonucunda elde edilen bulguların AlCl3'e bağlı nörodejenerasyon ve bilişsel bozukluğa karşı iyileştirici potansiyele sahip yeni bileşiklerin sentezlenmesine ve ilaç geliştirme araştırmalarına katkı sağlayacağına inanılmaktadır.
SiO2 Nanopartikülleri ve Endofitik Bakteri Uygulamalarının Yoncada (Medicago Sativa L.) Kuraklık Stresi Toleransı Üzerine Etkilerinin İn Vitro Koşullarda Araştırılması
(2025) Geyik, Merve Şimşek; Bezirğanoğlu, İsmail
Kuraklık, dünya genelinde tarımsal üretkenliği kısıtlayan başlıca abiyotik stres faktörlerinden biri olup, küresel gıda güvenliği açısından ciddi bir tehdittir. Nanoteknoloji, malzemelerin atom ve molekül düzeyinde kontrol edilmesini sağlayarak sağlık, enerji, çevre ve tarım gibi birçok alanda yenilikler sunmaktadır. Endofitik bakteriler ise bitki büyümesini destekleyen ve çevresel streslere karşı dayanıklılığı artıran yararlı mikroorganizmalardır. Bu çalışmada, kuraklık toleransı yüksek olan Türkiye'de yetişen Opuntia ficus-indica, Agave americana kaktüs ve sukulentlerden 40 endofitik bakteri izole edilmiştir. Bu bakteriler arasından patojenite ve PGPB özellikleri dikkate alınarak seçilen 4 izolat ile uygulamalar yapılmıştır. Ayrıca bakteriler, uygulanacak dozdan daha yüksek dozdaki SiO₂ nanoparikülleri ile muamele edilip, MTT testi sonucunda canlılığını sürdürenler seçilmiştir. Tür teşhisleri 16S rRNA dizi analiziyle yapılarak NCBI GenBank'a kaydedilmiştir (A2: Bacillus wiedmannii PP473246, AT3: Bacillus proteolyticus PP473247, HT1: Lysinibacillus macroides PP473248, H17: Enterobacter hormaechei subsp. xiangfangensis PP473250). Endofitik bakteri ve SiO2 nanopartiküllerinin Medicago sativa (yonca)'da PEG-6000 ile oluşturulan kuraklık stresi altında fizyolojik ve biyokimyasal tepkiler üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Stres altındaki bitkilerde total protein, kök-gövde uzunluğu, antioksidan enzim aktiviteleri, reaktif oksijen türleri ve lipid peroksidasyon seviyeleri belirlenmiştir. Uygulanan izolatlar kök-gövde kuru ağırlığını ve klorofil miktarını artırmış; H2O2, süperoksit anyonu ve MDA seviyelerini düşürmüştür. Ayrıca CAT, APX, GR, POX ve SOD aktivitelerini artırmışlardır. Bakterilerin bitki hücrelerindeki lokalizasyonu için SEM analizi yapılmıştır. Ayrıca öne çıkan AT3 ve H17 izolatlarının uygulandığı yoncada SiO2 nanopartiküllerinin hücredeki varlığı CLSM ile gösterilmiştir. İnoküle edilen bitkilerden tekrar izolasyon yapılarak ve 16S rRNA analizi ile bakterilerin varlığı doğrulanmıştır. Sonuçlar, izole edilen endofitik bakteriler ile SiO₂ nanopartiküllerinin kombine uygulamalarının, yonca bitkisinde kuraklık stresine karşı uyum yanıtlarını güçlendiren ve stresin olumsuz etkilerini hafifleten etkili bir strateji olduğunu göstermiştir.
Termal Kaynaklardan İzole Elde Edilen Çeşitli Bacillus Türlerinden 1,4-β-Endo Ksilanaz Enziminin Üretilmesi, Saflaştırılması ve Ticari Kullanılabilirliğinin Araştırılması
(2018) Uluçay, Orhan; Görmez, Arzu
Bu çalışmada; Doğu ve Güneydoğu Anadolu bölgesinde bulunan sıcak su kaynaklarından termofilik bakteriler izole edilmiştir. İzole edilen örneklerin morfolojik özellikleri tespit edilerek total ksilanaz aktiviteleri belirlenmiştir. İzole edilen DNA'lardan 16s rDNA bölgeleri PCR ile amplifiye edildikten sonra klonlanmış ve sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Yüksek aktivite gösteren Bacillus subtilis türüne ait ksilanaz enzimini kodlayan gen dizileri biyoinformatik analiz yöntemleri ile belirlenmiştir. Nikel affinitesi ile 6X-His takısına sahip rekombinant proteinlerin saflaştırılması gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılan enzim ANADOLUCA yöntemi ile kafeslenmiştir. 5 farklı izolat (Bacillus coagulans, Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis, Bacillus thuringiensis ve Geobacillus kaustophilus) tanılanmış olup bunlardan en yüksek aktivite gösteren B. subtilis izolatının ksilanazı saflaştırılarak rekombinant olarak üretilmiştir. Rekombinant ve rekombinant nano ksilanaz enziminin her ikisinin de optimum pH'nın 7.0, optimum sıcaklık değerinin ise rekombinant enzim için 68 °C, nano enzim için ise 75 °C olarak belirlenmiştir. Optimum enzim aktivitesi rekombinant enzim için 1803 U/mg, nano enzim için ise 1898 U/mg olduğu belirlenmiştir. İzolatların Km ve Vmax değerleri rekombinant enzim için sırasıyla 2,298 (mM) ve 5,691 (EU/mL.dk.), Nano enzim için ise 2,402 (mM) ve 6,195 (EU/mL.dk.) olarak belirlenmiştir. Metal iyonlarının rekombinant ksilanaz enzimi için MgSO4 (%80), CuSO4 (%57), CaCl2 (%74), ZnSO4 (%5) ve FeSO4 (%72), rekombinant nano ksilanaz enzimi için ise MgSO4 (%85), CuSO4 (%71), CaCl2 (%85), ZnSO4 (%50) ve FeSO4 (%94) farklı rölatif aktivite gösterdiği belirlenmiştir.

Browse

Browsing * Doktora Tezleri by Department "Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı"