Browsing by Author "Örtücü, Serkan"

Now showing 1 - 14 of 14

Aspergillus Niger LC3 İzolatından Antibakteriyel Polipeptit İzolasyonu
(2019) Üstün, Ayşe; Örtücü, Serkan
Bakteriler, funguslar, virüsler ve parazitler halihazırda kullanılan en güçlü antibiyotiklere direnç geliştirmiş ya da geliştirmektedirler. Buna paralel olarak günümüzde antimikrobiyal ilaçlara dirençli enfeksiyonlarda artışlar rapor edilmektedir. Bu nedenlerden dolayı yeni antimikrobiyal ajanların keşfi, zorunlu ve aynı zamanda da süreklilik arz etmesi gereken bir durum halini almıştır. Antimikrobiyal ajanlar olarak; çeşitli mikroorganizmaların sekonder metabolitleri ve bazı bitkilerin organik ekstraktları ön plana çıkmaktadır. Ancak, son yıllarda araştırmacılar, mikroorganizmalarla mücadelede; daha spesifik ve daha etkili yeni bir antimikrobiyal grubu olan doğal polipeptitler (AMP'ler) üzerine odaklanmıştır. Bu tez çalışmasında, Aspergillus cinsine ait LC3 izolatından ekstraselüler proteinlerin izolasyonu yapılarak, Staphylococcus aureus (ATCC 25923) ve Metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) patojenlerine karşı antimikrobiyal etkinliği test edilmiştir. Antimikrobiyal aktivitenin protein kaynaklı olduğu tripsin/proteinaz K testi ile belirlenmiş ve bu proteinin jel kapatma testi ile 11 kDa'luk bir protein olduğu saptanmıştır. Ardından saflaştırılan bu proteinin S. aureus'a karşı minimum inhibisyon konsantrasyon (MIC) değeri 8 µg/ µl, MRSA'ya karşı ise 32 µg/ µl olarak belirlemiş ve AMP molekülü olduğu doğrulanmıştır. LC3 izolatı yapılan ITS sekans analizi sonucu Aspergillus niger olarak tanımlanmış ve MK332597 erişim numarası ile GenBank'a kaydedilmiştir. Sonuç olarak saflaştırılan AMP molekülünün, S. aureus'dan kaynaklı enfeksiyonlarda kullanılabilecek potansiyele sahip olduğu belirlenmiştir.
Aspergillus Sclerotiorum’dan Elde Edilen Biyoaktif Bileşiklerin Antimikrobiyal ve Antibiyofilm Aktivitelerinin Değerlendirilmesi
(2019) Örtücü, Serkan; Üstün, Ayşe; Yazıcı, Ayşenur; Iskender, Nurcan Albayrak
Bu çalışma, topraktan izole edilen funguslardan antimikrobiyal bileşiklerin taranmasını ve bu bileşiklerin antibiyofilm aktivitelerinin değerlendirilmesini kapsamaktadır. Antimikrobiyal ve antibiyofilm özellikteki bileşiklere sahip izolat, moleküler olarak karakterize edilmiş ve Aspergillus sclerotiorum olarak tanılanmıştır. A. sclerotiorum maya pepton glikoz (YPG) besiyerinde geliştirilmiş ve ekstrasellüler besiyeri 1:1 oranında etil asetat ile ekstrakte edilmiştir. Ekstraksiyon ürünü ince tabaka kromotografisi (TLC, silica gel 60 HF254) ile karakterize edilmiş ve 5 bant elde edilmiştir. Gram pozitif (Staphylococcus aureus ATCC 25923, metisiline dirençli S. aureus (MRSA), Enterococcus faecalis ATCC 29212) ve Gram negatif (Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853) bakterilere karşı agar difüzyon ve TLC kapama deneyleri yapılmıştır. Rf değeri 0.42 olan bantın antimikrobiyal aktivite gösterdiği bulunmuştur. Bu bant TLC plaktan geri kazanılarak, minimum inhibitör konsantrasyonu (MIC) belirleme ve kristal viyole testi ile S. aureus ve MRSA’ ya karşı antibiyofilm aktivitesi değerlendirilmiştir. Bu sonuçlar, topraktan izole edilen fungus, A. sclerotiorum'un antimikrobiyal ve antibiyofilm bileşikleri için potansiyel bir kaynak olduğunu göstermektedir.
Bazı Sucul Böcek Türlerinin Bağırsaklarından Bakterilerin İzolasyonu, Moleküler Karakterizasyonu ve Antimikrobiyal Potansiyellerinin Araştırılması
(2022) Çorapçı, Ahmet Muhammet; Örtücü, Serkan
Böceklerin bağırsak florası özellikle çevreye adaptasyonlarında önemli rol oynamaktadır. Son zamanlarda bu flora üyeleri, biyoteknoloji için önemli kaynaklar haline gelmiştir. Hydrophilidae ve Dytiscidae familyalarına ait böcekler, su yaşamına oldukça adapte olmaları nedeniyle mikroorganizmalar açısından zengin bir kaynak olarak görülmektedir. Bu tez çalışmasında yeni antibakteriyel peptit üretici türlerin keşfi için bazı sucul böceklerin bağırsaklarından bakterilerin izolasyonu ve antibakteriyel peptit üretici türlerin taranması hedeflenmiştir. Bu amaçla, Temmuz-Eylül 2020 tarihleri arasında yapılan arazi çalışmalarında Hydrophilidae'ye ait beş, Dytiscidae'ye ait on farklı tür elde edildi. Bağırsak florasını belirlemek için böceklerin aseptik koşullar altında diseksiyonları gerçekleştirildi ve bağırsak örnekleri homojenize edilerek, TSA ortamına yayıldı. Bakterilerin moleküler karakterizasyonları 16S rDNA bölgesine göre gerçekleştirildi. Hydrophilidae üyelerinden Aeromonas veronii, Bacillus pumilus, Carnobacterium divergens, Hafnia paralvei, Kurthia gibsonii, Lactococcus garvieae, Proteus hauseri, Providencia rettgeri, Pseudomonas otitidis, Serratia fonticola ve S. liquefaciens; Dytiscidae üyelerinden ise Acinetobacter radioresistens, Aeromonas sp., A.allosaccharophila, A.veronii, B.pumilus, Carnobacterium divergens, Exiguobacterium mexicanum, Hafnia paralvei, Kurthia gibsonii, Lactococcus garvieae, Paenibacillus amylolyticus, Providencia rettgeri ve P.otitidis türleri elde edildi. Kültür filtratları well difüzyon tekniği ile Staphylococcus aureus ve P.aeruginosa'ya karşı test edildi. Ön seleksiyon sonucunda kültür filtratlarının hiçbiri P.aeruginosa'da zon oluşumuna neden olmazken; 5 adet filtrat S.aureus'a karşı zon verdi. Bakteriler aktivitenin doğrulanması için önce Tripsin/Proteinaz K parçalama yöntemi ile tarandı. Bu deneyde seçilen iki bakteriye ait filtratlar aktiviteden sorumlu proteinin bandının belirlenmesi amacıyla Native-Page jelde yürütüldü ve jel kapatma testine alındı. Sonuçta M29 kodlu P.otitidis'e ait yaklaşık 12 kDa boyutundaki peptidin antibakteriyel aktivite gösterdiği tespit edildi.
Beauveria Bassiana (Bals.) Vull. İzolatlarının Tetranychus Urticae Koch'a (Acari: Tetranychidae) Karşı Kontrol Potansiyellerinin ve Enzim Aktivitelerinin Belirlenmesi
(2017) İskender, Nurcan Albayrak; Örtücü, Serkan
Entomopatojen fungusların geniş konukçu çeşitliliği biyolojik mücadele endüstrisi için ticari bir avantaj olabilir. Bununla birlikte, entomopatojen fungusların tümü konukçuya nüfuz etmek için çeşitli enzimlerinin kombinasyonlarını kullanır ve bu enzimler fungal izolatların konukçu çeşitliliğinde önemli bir rol oynar. Bu çalışmanın amacı, üç Beauveria bassiana (Bals.) Vull. izolatının Tetranychus urticae Koch'a (Acari: Tetranychidae) karşı kontrol potansiyellerinin ve lipaz, kitinaz ve proteaz enzim aktivitelerinin belirlenmesidir. Bu amaçla, daha önce Coleoptera, Lepidoptera ve Hymenoptera'ya karşı entomopatojenik aktivite gösteren B. bassiana (PaF04, PaF09 ve PaF76) izolatları seçilmiştir. Test organizması olarak, T. urticae kullanılmıştır. Üç farklı dozda süspansiyon (1x106, 1x107 ve 1x108 konidi ml-1) Tween 80'de hazırlanmıştır. 2ml tek doz spor süspansiyonu el spreyi kullanılarak fasülye yaprak disklerinin alt yüzüne püskürtülmüştür. T. urticae'nın ölüm oranları 5 gün boyunca günlük olarak kaydedilmiştir. Enzim aktiviteleri petri plate yöntemi ile araştırılmış ve koloni çevresinde oluşan açık zonlar, enzimatik aktivitenin varlığını göstermiştir. Test edilen tüm fungus izolatları uygulamadan 5 gün sonra, 64,2±5,6% ve 100% arasında mortaliteye yol açarak T. urticae'ye karşı patojenite göstermiştir. LT50 değerleri 3,16±0,2 ve 3,72±0,5 gün arasında değişmiştir. PaF04 izolatının neden olduğu mortalite önemli derecede farklı bulunmuştur (p<0,05). Sonuçta, B. bassiana PaF izolatlarının Coleoptera, Lepidoptera ve Hymenoptera'yı kontrol potansiyellerinin olduğu kadar T. urticae'yı baskılama potansiyeline de sahip oldukları belirlenmiştir. Mevcut sonuçlar, kullanılan izolatların, özellikle de PaF04'ün geniş bir konukçu aralığına sahip olduğunu göstermiştir
Filamentöz Funguslardan Antibiyofilm Aktivitesine Sahip Ekstrasellüler Polipeptitlerin İzolasyonu
(2018) Yazıcı, Ayşenur; Örtücü, Serkan; Taşkın, Mesut
Mikroorganizmalarda görülmeye başlanan antibiyotiklere direnç, yeni antibiyotik arama çalışmalarını gerekli kılmıştır. Prokaryotik ve ökaryotik canlıların immün sistemlerinin bir parçası olarak sentezlenen antimikrobiyal proteinler (AMP) yeni nesil antibiyotikler olarak karşımıza çıkmaktadır. AMP molekülleri kısa zincirli, genellikle katyonik ve geniş spektrumlu aminoasit dizileridir. Antibiyofilm proteinler (ABP) ise AMP moleküllerinin bir alt grubu olup, biyofilm oluşumunu engelleyen polipeptit dizileridir. Bu tez çalışmasında, literatürde fungal tabanlı ABP molekülü bulunmadığından, topraktan filamentöz fungus izole edilerek, kültür filtratlarında ABP taraması yapılmıştır. İzole edilen toplam 120 izolat içerisinde agar difüzyon, çapraz ekim, radyal inhibisyon ve tripsin/proteinaz K parçalama yöntemleri ile Staphylococcus aureus (ATCC 25923) ve metisilin dirençli S. aureus'a (MRSA) etkili 2 adet AMP molekülü üreten fungus belirlenmiş ve bu funguslardan 1 tanesinin ABP ürettiği bulunmuştur. İndükleme sistemi ile belirlenen, trikloroasetik asit (TCA) yöntemi ile izole edilen ve ultrafiltrasyon yöntemi ile saflaştırılan antibiyofilm aktiviteye sahip polipeptit, SDS-PAGE ve trisin-PAGE ile doğrulanmıştır. ABP molekülü üreten filamentöz fungusun korunmuş (Internal Transcribed Spacer) ITS ve kalmodülin gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmış ve Aspergillus tubingensis olduğu belirlenmiştir. S. aureus'a karşı minimum inhibisyon konsantrasyon (MIC) değeri 32 mg/L, minimum biyofilm inhibisyon konsantrasyon (MBIC) değeri ise 2 mg/L olarak belirlenen ABP molekülü, Maldi-TOF/MS ile karakterize edilmiştir. Karakterizasyon sonrasında bu proteinin UniProt veritabanında kayıtlı, karakterize edilmemiş, A0A1L9MXD7_ASPTU kodlu yeni bir protein olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak, filamentöz funguslarda ABP'nin varlığı ilk kez gösterilmiştir. Bu ABP molekülünün, S. aureus'un biyofilm kaynaklı enfeksiyonlarında kullanılabilecek potansiyele sahip olduğu belirlenmiştir.
Fungal Biyopreparatların Ticari Formülasyonlarında Kullanılabilecek Uv-Koruyucu Pigment Üreten Fungusların İzolasyonu ve Moleküler Karakterizasyonu
(2017) Yenilmez, Ayşe; Örtücü, Serkan
Güneş ışığından kaynaklanan ultraviyole radyasyon entomopatojenik fungusların canlılığını etkileyen en önemli faktördür. Mikrobiyal ajanların doğada kalıcılığını arttırmak için yapılan çoğu uygulamada formüle edilen konidilere UV koruyucular ilave edilir. Bu uygulamalara rağmen, birçok durumda formüle edilen konidilerin alan etkinlikleri zararlıların kontrolü için hala tam olarak yeterli değildir. Bu nedenle pigmentler gibi UV koruyucu yeni doğal ürünlerin keşfine ihtiyaç vardır. Bu amaçla Erzurum'da 1800 m ve üzeri rakımda 20 farklı noktadan toprak örnekleri alındı. Laboratuvarda yapılan izolasyonlarda pigment ürettiği tespit edilen 2 filementöz fungus ve 6 maya saflaştırıldı. Yapılan ön seleksiyonda bu pigment üretici funguslar içerisinden sadece A2 ve A3 kodlu maya izolatları pigment ekstrasyonuna yatkın olmasından dolayı seçildi ve pigmentler saflaştırıldı. Ardından bu iki izolata ait pigmet örnekleri 0,5 mg/ml, 1 mg/ml ve 2,5 mg/ml olacak şekilde B. bassiana spor süspansiyonlarına ilave edildi. Pigment ilave edilen süspansiyonlar 15, 30 ve 60 dakika boyunca UV ışınları ile muamele edildi. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda pigment ilavesi bütün denemelerde UV ışınlarına karşı koruma sağlayarak konidi çimlenmesini arttırdı. En iyi sonuçlar A2 izolatına ait pigmentin ilavesi ile elde edildi. PaF04 kodlu B. bassiana izolatı 30 dakikalık UV muamelesi sonucunda konidi çimlenme oranı %39.58'e düşerken, 0,5 mg/ml konsantrasyonunda A2 pigment ilavesi sonucunda bu oran %99.16 olarak kaydedildi. Bu nedenle A2 pigmentinin antimikrobiyal özelliği, antioksidan aktivitesi ve mayanın moleküler karakterizasyonu gerçekleştirldi. Yapılan çalışmaların sonucunda, pigmentin UV koruyucu özelliğinin yanında antioksidan aktivite gösterdiği belirlendi. Ayrıca gram negatif G(-) ve gram pozitif G(+) bakterilere karşı antibakteriyal özellik gösterirken, antifungal aktivite göstermedi. A2 kodlu izolat, yapılan ITS sekans analizi sonucu Sporobolomyces roseus olarak tanımlandı ve KY705066 erişim numarası ile GenBank'a kaydedildi.
Fungal Kompozitlerin Üretiminde Kullanılabilecek Lignoselülozik Fungusların İzolasyonu ve Moleküler Karakterizasyonu
(2025) Cinisli, Beste Gizem; Örtücü, Serkan
Fungal kompozitler ucuz ve çevresel olarak sürdürülebilir malzemelerin yeni bir sınıfı olup; düşük ticari değere sahip tarımsal ve endüstriyel atık malzemelerden, darbe direnci yüksek, yangına dayanıklı, termal ve akustik yalıtım özellikleri gösteren daha yüksek değerliliğe sahip kompozit malzemelerin üretimini mümkün kılarlar. Günümüzde bu kompozitlerin geldiği noktada, üretimin ticari girişimlerin tekelinde olduğu; var olan literatür bilgisinin kısıtlılığı; bu güne kadar araştırılmış fungus türü ve substrakt çeşidinin azlığı gibi sorunlar, bu kompozitlerin yaygın kullanımını sınırlamaktadır. Bu nedenlerle tez çalışmasında, fungal kompozit üretiminde kullanılabilecek yeni fungus türlerinin ve/veya var olan türlerin farklı karakterlerde lokal izolatlarının keşfi amaçlanmıştır. Tez çalışması boyunca araziden toplanan örneklerden 11 tanesi yapay besiyerinde saflaştırılarak üretilmiştir. Ardından lignolitik/selülozik enzim aktivitelerine göre 21E, 18S, G01 ve BM01 kodlu 4 izolat seçilmiş; miselyal gelişim hızlarına göre ise BM01 kodlu izolatın sonraki denemelere alınmasına karar verilmiştir. BM01 kodlu izolatın moleküler karakterizasyonu, 18S rDNA bölgesine göre gerçekleştirilerek, Irpex laceratus olarak isimlendirilmiş ve erişim numarası (PX447859) alınmıştır. Deneyler sırasında 3 farklı oranda pirinç kepeği katkısı ve 3 farklı oranda inokülasyon yüzdesi denenerek, 10, 15 ve 20 gün olmak üzere 3 farklı inkübasyon süresine tabi tutulmuştur. Sonuç olarak elde edilen kompozitlerin su temas açıları, özgül ağırlıkları, ıslanma kapasiteleri ve deformasyon testleri sonucunda BM01 kodlu izolata ait en uygun koşullar ortaya çıkarılmıştır. Saman+%15 Pirinç Kepeği, %40 İnokülasyon, 20. gün koşullarında üretilen kompozitin, 148° temas açısına sahip olduğu, özgül ağırlığının 4,428 g/cm³ olup, ıslanma testinde 24 saat sonunda %300 oranında su tuttuğu belirlenmiştir. Deformasyon testlerinde ise %45 oranında sıkıştırmada 2638 N, %50 oranında sıkıştırmada ise 3991 N dayanıma sahip olduğu anlaşılmıştır. Tez çalışması sonucunda Bursa ili-Misi köyünden izole edilen BM01 kodlu izolatın mikokompozit üretiminde kullanılabilecek lokal bir izolat olduğu değerlendirilmiştir.
Hidrofobik Protein DewA'nın Pichia pastoris ile Rekombinant Üretimi ve Biyoteknolojik Uygulamaları
(2022) Turgut, Alpgiray; Örtücü, Serkan
Hidrofobinler, adeze olarak yüzey karakteristiğini değiştirebilme özelliklerinden dolayı birçok biyoteknolojik uygulamada büyük potansiyele sahiptir. Son yıllarda, hidrofobinlerin biyoteknolojik uygulamalarında belirgin bir artış olmakla birlikte, endüstriyel boyutlarda üretimi verim problemlerinden dolayı hala başarılmış değildir. Bu nedenle hidrofobinlerin rekombinant üretimi üzerine daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır. Bu tez çalışmasında literatürde yüksek temas açısına sahip olduğu belirlenen Aspergillus nidulans'a ait sınıf I hidrofobin DewA proteininin rekombinant olarak üretimi amaçlanmıştır. Bu amaçla ilk olarak, DewA geninin (UNIPROT: 52750) salgı sinyal dizisi ve dur kodonu çıkarılmıştır. Daha sonra elde edilen diziyi kesmeyen restriksiyon enzimleri biyoinformatik programı kullanılarak tespit edilmiş ve diziye EcoRI ve XbaI enzim kesim bölgeleri eklenmiştir. Ardından kodon optimizasyonu gerçekleştirilerek, dizi sentezlettirilmiştir. Sonuçta DewA proteini pPICZα-A vektörüne aktarılarak AOX1 promotörü altında Pichia pastoris X-33 suşu kullanılarak rekombinant olarak üretilmiştir. En yüksek verim 96. saatte 77 mg/L olarak %1'lik metanol konsantrasyonunda elde edilmiştir. Elde edilen rekombinant proteinin moleküler ağırlığı yaklaşık 15 kDa olarak bulunmuştur. DewA proteinin cam yüzeye kaplanması sonucunda, yüzeyin karakteristiğini değiştirerek hidrofobik hale getirdiği; teflon yüzeylerde ise yine yüzey karakteristiğini değiştirerek, hidrofilik hale getirdiği kanıtlanmıştır. Ardından bu yüzeylere sıcak SDS ve UV uygulaması yapılarak proteinin yüzey stabilitesi değerlendirilmiştir. Sonuçta yüzeye kaplanmış olan DewA proteininin hem cam hem de teflon yüzeylerde sıcak SDS uygulamasına dirençli olduğu; UV uygulamasında ise, cam yüzeylerde UV maruziyeti ile protein degrede olurken, teflon yüzeylerde yapısını koruduğu anlaşılmıştır. Tez çalışması ile A. nidulans'a ait DewA proteini, pPICZα-A vektörüne klonlanarak, P. pastoris X-33 suşunda AOX promotörü kontrolünde ilk kez rekombinant olarak üretilmiştir.
Hidrofobin Proteini Üretici Cladosporium Türlerinin Moleküler Karakterizasyonu
(2019) Albayrak, Büşra; Örtücü, Serkan
Hidrofobinler filamentöz funguslarda üretilen küçük moleküler ağırlığa sahip amfipatik proteinlerdir. Bu proteinler içerdikleri korunmuş sisteinler arasında oluşan disülfit bağları sayesinde oldukça kararlı bir yapıdadırlar ve bu yapılarından dolayı yüzey modifikasyonları, doku mühendisliği ve ilaç taşıma sistemleri gibi birçok farklı alanda kullanılma potansiyelleri vardır. Bu tez çalışmasında, kültür ortamında süperhidrofobik özellik gösteren fungus izolatlarının hidrofobisitesinden sorumlu olan hidrofobin proteinlerinin belirlenmesi, saflaştırılması ve hidrofobin üretici türlerinin moleküler karakterizasyonunun gerçekleştirilmesi ile yeni hidrofobin üretici türlerin ve yeni hidrofobin proteinlerinin literatüre kazandırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, topraktan izole edilmiş filamentöz fungus izolatları PDA'da bir hafta geliştirildikten sonra suyun değme açısı ölçümüyle yüzey hidrofobisiteleri belirlendi. Elde edilen değme açılarına göre derecelendirilip, en yüksek hidrofobisiteye sahip beş farklı fungus klasik yöntemlerle Cladosporium olarak tanılandı. Ardından bu izolatların sporları, hidrofobin eldesi için önerilen asetonitril-TFA ve %60'lık etanol çözeltileri içinde ekstrakte edildi. Son olarak, ITS ve D1D2 gen bölgelerine göre Cladosporium türlerinin moleküler karakterizasyonu gerçekleştirildi. Sonuç olarak, en yüksek değme açısına sahip A5 izolatı, C. macrocarpum olarak tanılandı ve yaklaşık 8kDa'luk hidrofobin proteinine sahip olduğu belirlendi.
Lovastatin Üretici Fungusların Taranması ve Moleküler Karakterizasyonu
(2019) Daş, Abdul Saltuk Buğra; Örtücü, Serkan
Lovastatin, HMG-CoA'nın mevolanata dönüşümünü katalizleyen HMG-CoA redüktaz enziminin yarışmalı inhibitörüdür, kalp ve damar hastalıkları tedavisinde ilaç olarak kullanılır. Bu tez çalışmasında topraktan izole edilen filamentöz fungusların, lovastatin üretimi yönünden taranması ve moleküler karakterizasyonu amaçlanmıştır. Yapılan izolasyonlarda toprak örneklerinden 52 adet fungus saflaştırılmış ve Candida albicans ile yapılan ön seçim işleminde 14 adet izolat pozitif sonuç vermiştir. Daha sonra bu 14 izolattan lovastatin ekstraksiyonu yapılarak, ekstraktlar saf lovastatinle ince tabaka kromatografisinde karşılaştırılmıştır. Lovastatinle benzer Rf değerine sahip bant veren 5 izolat belirlenmiş ve spektrum taraması yapılarak doğrulanmıştır. Seçilen 5 izolatın moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiş ve GenBank'a kaydedilmiştir. Sonuçta, soya unu eklenmiş sıvı besiyerinde 7 günlük inkübasyon sonucu: Fusarium solani B5B, 20,9 mg/L; F.oxysporum C11, 22,28 mg/L; Penicillium brevicompactum C6, 28,34 mg/L; P.commune C9, 27,59 mg/L; Sarocladium strictum HA4 ise 43,77 mg/L lovastatin üretmiştir. Bu çalışmada lovastatin üretici yeni lokal izolatlar ortaya çıkarılmış olup, en yüksek verime sahip HA4 izolatı lovastatin üretimi için umut vaadetmektedir.
Nisin ve Kloramfenikol Kombinasyonunun Staphylococcus Aureus ATCC 6538 Biyofilmi Üzerindeki Etkileri
(2022) Örtücü, Serkan; Yazıcı, Ayşenur; Arslan, Elif; Çobanoğlu, Şeymanur; Koçak, Umut Çağrı; Coşkun, Muhammed Kürşad
Günümüzde antibiyotik direncinin hızla yayılması ve yeni antimikrobiyal ajanların keşfedilmesinin zorluğu nedeniyle eski antibiyotiklerin yeniden kullanımı ve kombinasyon stratejileri ön plana çıkmıştır. Bu çalışmada, Staphylococcus aureus'un ATCC 6538 suşuna karşı nisin ve kloramfenikolün kombinasyonel etkinliğini araştırdık. Nisin ve kloramfenikolün MİK değerleri sırasıyla >64 ve 32 μg/mL olarak bulundu. Nisin ve kloramfenikol arasındaki sinerjizmin incelenmesi için dama tahtası (Checkerboard) testi yapıldı. Ayrıca, antibiyofilm etkilerini değerlendirmek için kristal viole testi kullanıldı. Koloni biyofilm testi ve qRT-PCR yöntemleri kullanılarak çeşitli virülans genlerinin (agrA,spa, icaA ve saeR) ekspresyonları araştırıldı. Kombinasyonel uygulamada, nisin ve kloramfenikolün MİK değerlerinde azalma gözlendi. Ayrıca, kombinasyonel uygulamada, biyofilm oluşumu azalma gösterdi. Nisin, kloramfenikol ve kombinasyon uygulamalarında agrA geninin ekspresyon seviyesinin kontrole göre azaldığı gösterilmiştir. Diğer genlerin ekspresyon seviyeleri ise kontrole göre artış göstermiştir. Sonuçlarımız, nisin ve kloramfenikol kombinasyonlarının aktivitelerinin sinerjistik ve antibiyofilm aktiviteye sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışma, eski antibiyotiklerin kombinasyonel kullanımının önemine ışık tutmaktadır.
Prostat Kanseri Hücre Hatlarında miR145'in SEMA3A Promotörü Üzerindeki İndükleyici Rolünün Araştırılması
(2018) Karataş, Elanur Aydın; Karataş, Ömer Faruk; Örtücü, Serkan
MikroRNA'lar endojen olarak sentezlenen, yaklaşık 18-24 nükleotid uzunluğunda, tek zincirli ve kodlamayan kısa ribonükleik asitlerdir (RNA) ve kanser araştırmaları alanında son zamanların en popüler konuları arasına girmiştir. MikroRNA'ların düzensiz ifadesi, PKa de dahil çeşitli kanser türleriyle ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada, miR-145'in PKa hücre hatlarında SEMA3A'nın ifadesini indükleyici rolünün araştırılması amaçlanmıştır. PKa hücre hatları PC3 ve DU145 hücrelerinde normal prostat epitel hücre hattı olan PNT1a ile karşılaştırıldığında p53, miR-145 ve SEMA3A ifadesinin PKa hücrelerinde azaldığı gösterildi. MiR-145'in artan ifadesinin PKa hücrelerinde SEMA3A'nın ifadesini hem mRNA hem de protein düzeyinde artmasına sebep olduğu ortaya konuldu. Ayrıca, artmış miR-145 ifadesinin, PC3 ve DU145 hücrelerinde hücre canlılığının azalmasına yol açtığı tespit edildi. Bunun yanı sıra, artan miR-145 ifadesinin, SEMA3A promotör bölgesinde RNA Pol II zenginleşmesine yol açarak transkripsiyonel aktiviteyi artırdığı ve SEMA3A promotörü tarafından kontrol edilen lusiferaz aktivitesini indüklediği belirlendi. SEMA3A promotöründeki miR-145 olası hedef dizisinde mutasyon oluşturulduğunda ise lusiferaz aktivitesinde değişim olmadığı ortaya konuldu. Bu çalışmada elde ettiğimiz verilerle miR-145'in fonksiyonlarının gen susturulması ile sınırlı olmadığı ve transkripsiyonel düzeyde gen ifadesinde değişikliklere neden olabileceği gösterilmiştir. Bu sonuçlar ile miR-145'in PKa hücrelerindeki tümör süpresör fonksiyonlarından birisinin SEMA3A promotörünü hedefleyerek onun ifadesinin artmasına yol açmak olduğu belirlenmiş ve bu şekilde miR-145?in prostat karsinogenezindeki rolünün aydınlatılmasına katkı sağlamıştır.
Ramnolipit Kullanılarak Hazırlanan Nisin Yüklü Pva-Plga Nanopartiküllerinin Antibiyofilm Etkisinin Değerlendirilmesi
(2025) Başkut, Ayşe Üstün; Örtücü, Serkan
Biyofilmler, biyotik veya abiyotik yüzeylerde gelişen ve ciddi enfeksiyonlara sebep olan mikrobiyal topluluklardır. Son yıllarda araştırmacılar biyofilmle mücadele için, biyouyumluluk, hedefe özgü ilaç taşıma, etken madde stabilitesi gibi özellikleriden dolayı nanobiyoteknolojik ilaç taşıma sistemlerine yönelmiştir. Bu tez çalışmasında, solvent evaporasyon yöntemiyle hazırlanan nisin yüklü polylactic-co-glycolic acid (PLGA) nanopartiküllerinde PVA (polivinil alkol)'ya ek olarak kosürfektan olarak kullanılan ramnolipitin(R) etkileri S. aureus ATCC 25923 biyofilmlerine karşı değerlendirilmiştir. Bu amaçla farklı oranlarda ramnolipit kosürfektanıyla hazırlanan 10 nanoformülasyondan, ortalama boyut (d.nm), zeta-potansiyel (ZP), poli-dağılım indeksi (PDI), ilaç enkapsülasyon yüzdesi (%EE) ve ilaç yükleme yüzdesi (%DL) açısından en uygun NP5 formülasyonu seçilmiştir. NP5 nanoformülasyonun pH, iyonik güç, termal ve serum ortamındaki koşullara dayanımı Zeta-sizer cihazıyla tespit edilmiştir. Ardından, NP5 nanoformülasyonun, agar difüzyon testi ve minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ile antimikrobiyal etkinliği ve Cell Proliferation Kit (XTT) testi ve minimum biyofilm inhibitör konsantrasyon (MBİK) ile antibiyofilm etkinlikleri değerlendirilmiştir. Ayrıca nanotaşıyıcı sistemler için biyouyumluluğunu kontrol amacıyla insan fibroblast hücrelerine karşı sitotoksititesi Cell Viability Detection Kit 8 (CVDK-8) testiyle değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, NP5, ramnolipitsiz hazırlanan formülasyona (NP0) göre fizyolojik şartlara karşı d. nm, ZP ve PDI değerleri açısından daha stabil olduğu tespit edilmiş ve bu avantajları sayesinde daha iyi antimikrobiyal ve antibiyofilm özellik sergilerken, antibiyofilm inhibisyonu olarak NP0 formülasyonuna kıyasla %18 daha fazla S. aureus biyofilm hücrelerini inhibe etmiştir. Sitotoksik aktivite çalışması sonucunda NP5 formülasyonunun NP0' a göre daha çok biyouyumlu olduğu tespit edilmiş ve hemolitik aktiviteye sahip olmadığı doğrulanmıştır. Tez çalışması sonucunda PVA-R sürfektanıyla hazırlanan PLGA nanopartiküllerinin, S. aureus kaynaklı biyofilmlerle mücadelede yeni bir ilaç taşıma sistemi olarak kullanılabilecek potansiyele sahip olduğu belirlenmiştir.
Türkiye Mikotası için Yeni Kayıtlar (Basidiomycota-Agaricales)
(2018) Sesli, Ertugrul; Örtücü, Serkan; Aytaç, Eralp
Gymnopus luxurians (Peck) Murrill, Hebeloma avellaneum Kauffman, Ossicaulislachnopus (Fr.) Contu ve Tricholoma umbonatum Clémençon & Bon Türkiye’de ilk kezsaptanmıştır. Yeni kayıtlar betim, arazi ve mikroskobik resimler ve kısa bir tartışma ile birlikteverilmiştir.